No han sido muchos los vestigios que el primitivo habitante de estas tierras ha dejado. A la época romana la tradición popular, con fundamento, atribuye la fuente del Pozabajo y el camino conocido como la Calzada Vieja. En tierras próximas a la rivera de Froya hay numerosas tumbas excavadas en la roca. Poco se sabe de La Fregeneda hasta el s. XVI, salvo que estuvo hasta entonces, como el resto de la comarca del Abadengo, bajo la jurisdicción temporal del obispado de Ciudad Rodrigo, desde que éste fuera fundado por Fernando II de León a finales del s. XII. Un escrito del archivo civitatense, que se inicia en 1389, menciona ya la Fresneda del Barco como parroquia; pocas dudas caben para saber que se refiere a La Fregeneda. En el s. XIV queda definitivamente asentada la frontera entre el reino de León y el de Portugal en el río Águeda, que hasta entonces había sido el río Coa. Es probable que por estas fechas La Fregeneda cobrara importancia para asegurar la frontera, especialmente los estratégicos pasos de San Martín y del Vado de la Barca, ya que las guerras entre ambos reinos fueron muy frecuentes en el Medioevo. Tal vez por entonces se construyera la fortaleza o castillo, de cuya existencia hay noticia segura, y la población alcanzara el rango de villa. 
El rey Felipe II segregó la villa de la jurisdicción eclesiástica, en virtud de la concesión que el papa Gregorio XIII le hubiera concedido en 1564, para sufragar sus campañas en defensa de la Cristiandad. Ante el temor de que pasara a señor particular, en 1574 sus propios habitantes la compran a Felipe II, quien le concede privilegio para nombrar Alcaldes, Regidores, Procuradores y otros oficiales municipales según carta de otorgada por el rey y confirmada un siglo más tarde por Carlos II. La Fregeneda quedó así constituida como villa de realengo. Por estas mismas fechas se comienza la construcción de la iglesia parroquial. La Guerra de Secesión de Portugal dejó sus huellas con el saqueo de la Villa en noviembre de 1664. También los ejércitos que apoyaban al Archiduque de Austria en la Guerra de Sucesión a la corona española llegaron a La Fregeneda en 1707; un siglo más tarde, en 1808, entraron los franceses durante la Guerra de la Independencia. Aquí tuvo su cuartel el duque de Wellington en septiembre de 1811, juntándosele la infantería de Julián Sánchez "el Charro". El siglo XIX trae a La Fregeneda tres grandes obras: la construcción del Muelle de Vega Terrón entre 1856 y 1860, la de la carretera que une el Muelle de Vega Terrón con Salamanca, iniciada un año después, y la de la vía férrea, iniciada el 31 de agosto de 1883 e inaugurada el 8 de diciembre de 1887 con la asistencia de la Infanta doña Isabel de Borbón. Durante el siglo XX La Fregeneda mantiene hasta la década de los setenta un buen nivel de población. Tras estos años hay un progresivo declive económico: el cierre de la mina de estaño, la marcha de la guardia civil, el cierre de la vía férrea y el abandono de gran parte de la actividad agraria. Nuevas expectativas se crean con la construcción del nuevo Muelle de Vega Terrón (con grandes perspectivas) y la construcción de un puente internacional sobre el Águeda para crear una vía de comunicación con Oporto.
La parte este de su término comparte los valores del paisaje de la penillanura, con encinas como en el resto del Abadengo. En cambio la zona norte se viene a formar parte de los Arribes del Duero, río que delimita y precisa el término haciendo frontera con Portugal, con sus bancales repletos de almendros, olivos, naranjos, limoneros y vides. Por otra parte, destacan los parajes del encajonamiento del río Águeda, con una fauna y una flora intactas debido a su aislamiento, donde podemos encontrar cigüeñas negras, águila real, búho real, águila perdicera, buitre leonado, alimoche, carroñeros rupícolas y una importante colonia de nutrias. La flora autóctona ofrece jumbrios (enebros), encinas, carrascos, alcornoques, algarrobos, algunos fresnos, chopos, álamos, los “saces”, etc. La presencia de eucaliptos se remonta a la construcción de la vía férrea y de la carretera. La vegetación es mediterránea con la presencia incluso de chumberas y abundantes plantas aromáticas como el orégano, el tomillo, el poleo, el hinojo, el romero o la manzanilla.
En el último censo (1.995), La Fregeneda tenía 636 habitantes, con un índice de analfabetos en torno al 3%. En abril del presente año tiene 580 habitantes. La población de La Fregeneda ha experimentado una caída progresiva desde la década de los sesenta, al igual que las otras poblaciones de la comarca. El modo de vida de La Fregeneda tiene su base principal en la ganadería y la agricultura. Personal asalariado trabaja temporalmente en el campo (7% de la población está en paro), en la recogida de almendra y aceituna, especialmente en la Quinta de Valicobo, en las lecherías y en la almazara. Actualmente prima la sembradura para las ovejas. Las algarrobas, los garbanzos, los chicharros y los altramuces quedan como cultivos residuales. En mayor auge están los cultivos leñosos, ya que la mayor parte del término está poblado por almendreras (es el mayor productor de almendras de la zona) y por olivos. Los naranjos y los viñedos son cultivos residuales. Hay abundantes zonas de pasto y monte bajo. La actividad pecuaria está dominada por el ganado lanar. El ganado vacuno es escaso, el caprino inexistente y el mular y asnal en retroceso. Hay abundantes colmenas repartidas por todo el término.
Especial mención merece el muelle fluvial de Vega de Terrón, que está situado en el extremo noroeste del término municipal de La Fregeneda, entre la confluencia de los ríos Águeda y Duero. Este muelle permite la navegación por el Duero (sistema de esclusas), desde Salamanca hasta la ciudad de Oporto y el océano Atlántico, recorriendo una distancia de 179 km. En él hay un muelle comercial de 100 de longitud de atraque y otro deportivo de 60m metros. Junto a él se está construyendo una zona recreativa con playa fluvial en el Águeda. De los lugares de interés artístico o histórico, destaca la fu ente romana del Pozabajo, las bellas y antiquísimas portadas de piedra de cantería y en las puertas de las casas y el tramo de la vía férrea que enlazaba el occidente castellano con Oporto. Fue ésta una de las mayores obras de ingeniería del siglo XIX, que salva un desnivel que va desde los 460 metros a los 136 metros, en un recorrido de 17 km. Tiene 9 puentes y 20 túneles levantados y horadados en roca viva. Se inauguró en el año 1.887.
Conviene visitar la iglesia parroquial, consagrada a San Marcos Evangelista. Empezó a construirse en estilo gótico en la 2ª mitad del siglo XVI y se terminó barroca. El testero está cerrado con una bóveda nervada de crucería especialmente bella y espectacular. Se cuenta que el cantero fue Pedro de Gamboa, aparejador de Rodrigo Gil de Hontañón, quien la traspasó a Francisco Rodríguez. Tiene en el altar mayor un retablo barroco del siglo XVII con cuatro columnas salomónicas; en el centro está la imagen de San Marcos flanqueada por los Santos Pedro y Pablo; en la parte alta se halla la imagen de San Gregorio y dos cuadros, de la Natividad y de la Inmaculada, datados en el s. XV. A la derecha se halla la capilla de la Virgen de la Paz, con su retablo, y a la izquierda la del Santo Cristo, con tres imágenes; de Jesús Nazareno, del Santo Cristo de la Misericordia y de Nuestra Señora de los Dolores. Las capillas más próximas a la torre están presididas por San José y San Sebastián, tallas del s. SVII. Hay que destacar la torre del siglo XVIII.
Los alrededores de la villa de La Fregeneda son extraordinariamente bellos y para poder disfrutarlos únicamente hay que recorrer una de las rutas que, aprovechando los viejos caminos, llevan a parajes especialmente interesantes como la Peña Redonda y la Mesita de los Curas, la Torreta, el Tumbo la Caldera, los Llanos y laderas del Águeda, el entorno de Vega Terrón, la Vía Férrea, las Viñas de Duero, etc. De las fiestas se destaca la fiesta de San Sebastián (20 de febrero) con misa y procesión con el santo a través de numerosas hogueras de ramas de jumbrio remochado. Este día invitaban las mozas a los mozos a comer el hornazo. Poco después, el 2 de febrero se celebra la fiesta mayor, las Candelas, en que se honra la imagen de Nª Sª de la Paz, patrona de la villa; el día 3 se honra a San Blas y se recogen las salutíferas gargantillas; por estas fechas (del 2 al 3 de febrero) se sale a comer el hornazo por el campo. A finales de febrero o primeros se marzo se festeja la llegada temprana de la primavera son la Fiesta del Almendro, celebrada en domingo; se ofrece un día de mercadillo y disfrute de la flor del almendro;hay bailes y concurso de artículos literarios. Otras fiestas de entrañable calado son San Marcos (25 de abril), patrono del pueblo, la Pascua de Resurrección con la procesión del Encuentro, el tradicional Corpus Christi y el Día del Socorro o festividad de la Asunción de Nuestra Señora.
La gastronomía de la Villa cuenta con un plato muy típico, propio de la Navidad y de la Semana Santa; se trata del “rebozao”, plato hecho con tajadas de bacalao, rodajas de patata y hojas de borraja que, tras ser enharinadas y fritas, se cuece al fuego lento de la lumbre con un refrito de ajo, perejil y almendras. Las tortillas de espárragos trigueros se prodigan por ser productos propios del lugar. Las ovejas producen un excelente queso de calidad puro de oveja, fácil de conseguir en las dos lecherías de la Villa e incluso en algunas casas particulares donde aún se use la cuajada de hierbas. El cordero que se puede conseguir es de excelente calidad y sabor. Para la festividad de Las Candelas se hacen los típicos hornazos, rellenos de tajadas de lomo, chorizo y jamón de cerdo. Son famosos por su enjundia y vistosidad. Hoy se fabrican todo el año. Los dulces típicos son, como en otras partes del Abadengo, mantecados, mantecadas, galletas de nata, bollos, flores, rosquillas, obleas. Especial mención merecen los dulces basados en la almendra: los riquísimos “repelaos”, el queso de almendra, las “garrapiñadas” y las almendras fritas El viajero puede, para completar su estancia, realizar numerosas actividades: senderismo, cruceros por el Duero desde Vega Terrón, bañarse en la fuente de aguas termales de la antigua mina de estaño (se trata de un manantial templado de agua sulfídrica), bañarse en el Águeda, practicar la pesca o la caza, la búsqueda de plantas silvestres (espárrago, setas, regajo, berros) y, si uno se anima, recorres los 17 kilómetros de vía férrea que salvan el desnivel desde la estación de Valdenoguera hasta Portugal, faldeando el profundo tajo que el río Águeda ha ido labrando con el paso de los siglos. El hospedaje en la casa de turismo rural de Valicobo permite contemplar lugares de ensueño.
